棉花枯萎病菌以菌丝体、分生砲子和厚垣抱子在棉子、病残体（包括棉子壳、饼）、土壤和 未腐熟的土杂肥中越冬，成为翌年的初侵染源，其中带菌土壤尤为重要。棉子短绒带菌率高于种 壳和种胚带菌率。此外，田间其他感病寄主也可成为初侵染源。
病菌存活能力很强，在棉子内、外部的病菌一般可分别存活8个月和5个月左右。在田间, 病菌主要分布在土表20cm内的耕作层中，分布最深者可达60cm以上。在土表及7cm深的土层 中，病秆内的病菌可存活18个月。病残体分解后，其中的病菌仍能在土壤中存活6〜7a,而厚 垣砲子甚至可存活长达15a之久。
病菌主要靠流水、农事操作及地下害虫的活动在田间传播蔓延。施用未腐熟的带菌粪肥也能 传病。病菌可通过带菌种子、棉子壳和棉子饼的调运作远距离传播。
病菌存活能力很强，在棉子内、外部的病菌一般可分别存活8个月和5个月左右。在田间, 病菌主要分布在土表20cm内的耕作层中，分布最深者可达60cm以上。在土表及7cm深的土层 中，病秆内的病菌可存活18个月。病残体分解后，其中的病菌仍能在土壤中存活6〜7a,而厚 垣砲子甚至可存活长达15a之久。
病菌主要靠流水、农事操作及地下害虫的活动在田间传播蔓延。施用未腐熟的带菌粪肥也能 传病。病菌可通过带菌种子、棉子壳和棉子饼的调运作远距离传播。
病菌主要从根梢及土壤线虫等造成的伤口侵入，从伤口侵入者，致病率更高。病菌侵入后, 菌丝先在表皮组织和内皮层扩展，进入维管束中轴，并经由初生根侵入次生根，最后进入导管组 织。在导管内，菌丝向上纵向扩展，经导管壁的孔纹横向扩展，并在导管内产生小型分生抱子。 小型分生弛子随着液流到达上方导管，进一步扩展到枝、叶和种子。病土及病株的根、茎、叶和 种子又成为翌年的初侵染源（如图）。
